Các phòng chức năng của Cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật có trách nhiệm giúp Cục trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước về Trồng trọt và bảo vệ thực vật, quản lý giống cây trồng, quản lý sức khỏe đất, quản lý thuốc bảo vệ thực vật, quản lý phân bón, kiểm dịch thực vật, an toàn thực phẩm và môi trường và thanh tra chuyên ngành trong phạm vi cả nước. Bộ máy quản lý của Cục có 12 phòng chức năng, Bộ phận tiếp nhận hồ sơ và trả kết quả, Bộ phận thường trực tại Thành phố Hồ Chí Minh. Cụ thể như sau:
1. Phòng Trồng trọt và Bảo vệ thực vậtĐiện thoại: 024.38.513.913 | 024.38.518.197
Email: ttbvtv_ttbvtv@mae.gov.vn
Trưởng phòng : Bùi Xuân Phong
Phó Trưởng phòng: Đinh Công Chính
Phó Trưởng phòng: Hoàng Anh Tuấn
2. Phòng Kiểm dịch thực vậtĐiện thoại: 024.35.334.813 | 024.38.518.192
Email: kdtv_ttbvtv@mae.gov.vn
Trưởng phòng: Lê Sơn Hà
Phó Trưởng phòng: Hà Thanh Hương
3. Phòng Quản lý thuốc bảo vệ thực vậtĐiện thoại: 024.35.335.018 | 024.35.335.190
Email: qlt_tttbvtv@mae.gov.vn
Trưởng phòng: Bùi Thanh Hương
Phó Trưởng phòng: Nguyễn Thanh Hải
4. Phòng An toàn thực phẩm và môi trườngĐiện thoại: 024.35.379.743 | 024.35.334.036
Email: attpmt_ttbvtv@mae.gov.vn
Phó Trưởng phòng phụ trách: Nguyễn Tử Hải
Phó trưởng phòng: Lương Ngọc Quang
5. Phòng Quản lý phân bón
Điện thoại: 024.38.518.194
Email: plpb_ttbvtv@mae.gov.vn
Phó trưởng phòng: Vũ Thắng
6. Phòng Quản lý giống cây trồng
Điện thoại: 024.38.518.194
Email: qlgct_ttbvtv@mae.gov.vn
Trưởng phòng: Nguyễn Văn Vương
Phó trưởng phòng:
7. Phòng Quản lý sức khỏe đấtĐiện thoại: 024.38.518.194
Email: qlskd_ttbvtv@mae.gov.vn
Trưởng phòng: Phạm Văn Thành
Phó trưởng phòng: Ngô Nguyên Nhan
8 .Phòng Hợp tác quốc tế Điện thoại: 024.38.570.754
Email: htqt_ttbvtv@mae.gov.vn
Phó Trưởng phòng: Hoàng Anh Đức
Phó Trường phòng: Ngô Thị Phương Dung
9. Phòng Chính sách - Pháp chế
Điện thoại: 024.35.331.677 | 024.38.513.693
Email: ttpc_ttbvtv@mae.gov.vn
Trưởng phòng:
Phó trường phòng:
10. Phòng Kế hoạch- Tài chínhĐiện thoại: 024.38.518.200
Email: khtc_ttbvtvt@mae.gov.vn
Trưởng phòng: Lê Thu Hà
Phó Trưởng phòng: Nguyễn Hải Sơn
11. Phòng Khoa học công nghệĐiện thoại: 024.35.335.054 | 024.35.333.057
Email: khcn_ttbvtv@mae.gov.vn
Phó Trưởng phòng phụ trách : Hà Tấn Thụ
12. Văn phòng CụcĐiện thoại: 024.38.518.196
024.38.519.451 (trực bảo vệ)
024.38.574.663 (trực văn thư )
Email: vp_ttbvtv@mae.gov.vn
Chánh Văn phòng : Đỗ Hồng Khanh
13. Bộ phận tiếp nhận hồ sơ và trả kết quả
Điện thoại: 024.3533.0361
Email: bp1c_ttbvtv@mae.gov.vn
14. Bộ phận thường trực tại thành phố Hồ Chí MinhĐiện thoại: 028.38.24.8803 Fax: 028.3827.4344
Email: bpttthcm_ttbvtv@mae.gov.vn